Fabuła gry osadzona została w odległej przyszłości, w której ludzkość konsekwentnie wdraża w życie idee posthumanizmu, dążąc do stworzenia człowieka pozbawionego biologicznych słabości. Przodownikiem w tej dziedzinie jest firma H+ Corporation, a akcja gry przenosi nas na pokład statku kosmicznego Purity-02, będącego miejscem przeprowadzania tajnych badań. Sprawy komplikują się w momencie, w którym okazuje się, że jednostka jest niemal całkowicie opusztoszałą, śmiertelną pułapką, a jej korytarze przemierza tytułowa bestia mityczny Phantaruk, którego jedynym celem jest zabicie wszystkiego, co znajdzie się w zasięgu wzroku. Sytuacji nie ułatwia też fakt, że kontrolowana przez nas postać jest nosicielem tajemniczego pasożyta, który z każdą minutą stopniowo zatruwa jej organizm.
