Secret Agent Clank to przygodowo zręcznościowa gra platformowa. Gracz kieruje tytułową postacią Clanka, małego robota który chce uwolnić swojego przyjaciela Ratcheta, posądzonego o czyny, których nie popełnił i uwięzionego przez nie. Robot chce dokonać tego za pomocą arsenału gadżetów oraz swojego szpiegowskiego doświadczenia. W grze jest wiele zagadek oraz elementów strategicznych. Gracz ma możliwość odnajdywania licznych bonusów, które ulepszają postać.
Wraz z postępami w grze gracz odblokowuje nowe style walki oraz odnajduje nowe rodzaje broni.
