Quincy Sharp - nowy Burmistrz Gotham postanawia zrewolucjonizować zakład penitencjarny dla najgroźniejszych więźniów. Na jego żądanie rozległa, mroczna dzielnica slumsów w Centrum Gotham City stała się zarówno silnie strzeżonym więzieniem, jak i domem dla największych kryminalistów, bandytów i gangsterów Gotham, którzy zostali tu przeniesieni z zakładu Arkham. Dzielnica zostaje opanowana przez gangi, których celem jest ucieczka z Gotham. Przeciwstawić im się może tylko Batman, którego po raz pierwszy wspomaga Kobieta Kot. Edycja "Game of the Year" zawiera dodatkowy, ostatni epizod historii – Zemsta Harley Quinn.
Bardziej niebezpieczna niż kiedykolwiek, teraz dowodzi własnym gangiem i zwabia Batmana by ostatecznie zemścić się na Mrocznym Rycerzu. Cechy dodatku "Zemsta Harley Quinn": ponad 2 godziny nowej zawartości, nowy wątek fabularny i wrogowie, wciel się w Batmana oraz Robina, zmierz się z nowym „Gangiem Harley Quinn”, odwiedź nowe lokacje, używaj zdolności nawigacyjnych Robina, zdobądź nowe przedmioty dla kolekcjonerów. Edycja "Batman: Arkham City - Game of the Year Edition" zawiera również wcześniejsze rozszerzenia gry, w tym:
dodatek Kobieta Kot, dodatek Robin, dodatek Nigthwing, zestaw skórek Arkham City, zestaw dodatkowych map.