Fabuła gry jest bezpośrednią kontynuacją The Legend of Zelda: Ocarina of Time, którą w podobny sposób odświeżono w 2011 roku. Podczas zabawy wcielamy się w jedną z dwóch głównych postaci uniwersum Zeldy – chłopca imieniem Link, który w poszukiwaniu swojego skradzionego konia trafi do krainy zwanej Termina. Stoi ona w obliczu śmiertelnego zagrożenia zderzeniem z ogromnym księżycem, który nieuchronnie zmierza w jej stronę. Okazuje się, że za tajemniczymi wydarzeniami kryje się leśny stwór Skull Kid, który wszedł w posiadanie mitycznej Maski Majory.
Posiada ona ogromną moc, ale w niepowołanych rękach może spowodować wiele zła. Zadaniem Linka będzie rzecz jasna odzyskanie maski i zapobieżenie zbliżającej się apokalipsie.
