Grupa bohaterów jest oblegana przez siły Shao Kahna. Zmusza on Raidena i jego wojowników do pójścia na ugodę oraz udział w finałowym turnieju Mortal Kombat, który zdecyduje o losie wszystkich światów. W tym samym czasie Scorpion musi odnaleźć pradawny artefakt zwany Kamidogu zanim zostanie wykorzystany do wskrzeszenia istoty, która może zniszczyć całe życie we wszechświecie.
